
A jezsuiták rövid kolozsmonostori kitérő után a Báthory-féle hagyományokat követve rövidebb—hosszabb megszakításokkal vezették tovább iskolájukat 1773-ig, amikor XIV. Kelemen pápa feloszlatta a jezsuita rendet. 1774-ben Mária Terézia megkezdte az egyetem újjászervezését, amelyet a piaristákra bízott. A XVIII. század végén újabb két kar kezdte meg működését az universitason belül: 1774-ben jogi, 1775-ben pedig orvosi fakultás létesült. 1784-ben II. József líceummá fokozta le a kolozsvári egyetemet, majd 1848-ban született meg az első terv a líceum egyetemmé alakítására. Ez az intézmény lett az alapja az 1872-ben létrehozott magyar királyi tudományegyetemnek, mely kezdettől fogva a Báthory-féle akadémia szellemi örökösének vallotta magát. 1881. január 4-én a kolozsvári egyetem felvette Ferencz József nevét.
A történelem vihara 1919-ben úgy hozta, hogy a kolozsvári egyetemnek „költöznie kellett” alapítóhelyéről, ezért a magyar nemzetgyűlés 1921-ben Szegedet jelölte meg új székhelyéül. Városunknak évszázados törekvése valósult meg így, hiszen Dél-Magyarország tudományos- kulturális centrumává válhatott. Az első ünnepélyes tanévnyitót követően Szeged szellemi potenciálja és az akkori állami dotáció újabb és újabb felsőoktatási intézményeket hívott életre. A szegedi felsőoktatás infrastruktúrájának létrehozásában nagy szerepe volt egykori kultuszminiszterünknek, gróf Klebelsberg Kunónak, aki bizonyos volt abban, hogy a nagy múltú kolozsvári egyetem méltó otthont kap Szegeden, és a „Tisza-parti Göttinga” hamarosan a tudományos élet jelentős képviselője lesz. Tervei valóra váltak, amikor 1937-ben az Orvosi Vegytani Intézet professzora, Szent-Györgyi Albert szegedi kutatásaiért átvehette a nemzetközi tudományos élet máig legnagyobb elismerését, a Nobel-díjat.

1940-ben, a II. bécsi döntést követően az egyetem kettévált, a Ferencz József Tudományegyetem egy része visszament Kolozsvárra, ám a tanári kar, a diákok jelentős része, a laboratóriumok és a teljes könyvtár Szegeden maradt, és Horthy Miklós Tudományegyetem néven folytatta munkáját. Első rektora a Nobel-díjas Szent-Györgyi Albert lett.
Az ötvenes évekbeli tendencia, mely a többkarú tudományegyetemeket szétszabdalta és új egyetemeket hozott létre Szeged felsőoktatására is hatással volt. 1951-ben az orvoskarból orvostudományi egyetemet alakítottak, ami később nagy nemzetközi hírű egyetemmé fejlődött.
Az elmúlt fél évszázad során a szegedi felsőoktatás számos oktatási, klinikai, kollégiumi épülettel gyarapodott. Jelentősen nőtt a hallgatói létszám az oktatói állomány gyarapodása azonban koránt sem követte a hallgatói létszámnövekedés dinamizmusát. A megváltozott társadalmi és gazdasági körülmények következtében szükségessé vált, hogy Szegeden a nagy múltú Juhász Gyula Tanárképző Főiskola, a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola Szegedi Konzervatóriuma, a Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem, a József Attila Tudományegyetem, a Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem Szegedi Főiskolai Kara és a hódmezővásárhelyi Mezőgazdasági Főiskola egyesüljön, és közösen egy integrált felsőoktatási intézményt hozzon létre.
2000. január 1-jén 10 karral – pontosabban, a Konzervatórium Főiskolai Karával kiegészülve 11 karral – létrejött a Szegedi Tudományegyetem. A 11 kar hamarosan 12. társat is kapott: 2007 januárjától a fogorvosképzést külön fakultáson gondozzák.
Az egyetem egykori rektora, a Nobel-díjas Szent-Györgyi Albert (1940/41-es tanév) az intézmény számára a következő fő feladatokat jelölte meg: „gyűjteni, terjeszteni, és gyarapítani az emberi tudást”, nevelni a jövő tudósait, „akik majdan ezt a hivatást tőlünk átveszik…”, a haza részére olyan polgárokat nevelni, „akik el vannak látva a szellem fegyverével…”, „s a mi egyetemünknek van még egy fontos hivatása is! Hogy a nagy magyar Alföldnek szellemi központja legyen!” A Szegedi Tudományegyetem mai vezetői ennek a kihívásnak megfelelően arra törekszenek, hogy szellemi potenciálunknál fogva az ország egyik első egyeteme legyünk.

A Szegedi Tudományegyetemnek erre minden feltétele adott, hiszen az előző évtizedek nagyhírű professzorai, az általuk vezetett iskolák és műhelyek újabb és újabb generációit nevelték ki kutatóinknak és oktatóinknak.
Az idegen nyelvű képzés, így elsősorban az angol nyelvű orvosképzés 1985-ös indulása óta több ezer kiváló külföldi szakember tudja Alma Materének a szegedi felsőoktatást, különösen, hogy az elmúlt években sorra indultak a Szegedi Tudományegyetem idegen nyelvű képzései. Ma már az angol mellett a német nyelvű orvos-, fogorvos- és gyógyszerészképzés, valamint a német és francia nyelvű jogászképzés magas színvonala és jó híre is csábítja a hallgatókat a világ minden tájáról Szegedre.
A Szegedi Tudományegyetem infrastrukturális beruházásainak köszönhetően az elmúlt években olyan nagy jelentőségű terveket sikerült megvalósítani, mint az Egyetemi Könyvtárnak és a Konferenciaközpontnak otthont adó József Attila Tanulmányi és Információs Központ megépítése. A TIK 2004-es ünnepélyes átadása óta az egyetem szíve, az egyetemi polgárság találkozóhelye.
Az egyetem központi épülete 2011-ben újult meg, amely így már 21. századi környezetben alkalmas a munkavégzés és a hallgatói ügyek intézésére. Ezen felül a Regionális Tudástranszfer és Szolgáltató Központ rendezvények, kiállítások szervezésére is kiváló helyszín.
A Szegedi Tudományegyetem jelenleg 12 karral működik, melynek mindegyike a pillanatnyilag legkorszerűbb tudományos ismereteket adja át a hallgatóknak, és e tudás gyakorlati alkalmazásával is megismerteti a jövő oktatóit, kutatóit, tudósait.