Duda Ernő Budapesten végzett, a ma Semmelweis Egyetem névre hallgató intézmény Orvosi Vegytani intézetében doktorált. A Szegedi Biológiai Kutatóközpont felépítése után Straub F. Brúnó „beválogatta” a szegedi csapatba. 42 éven át dolgozott az SZBK Biokémiai Intézetében, közben kutatott az Egyesült Államokban, Kanadában, Franciaországban és Japánban. 20 éve a Szegedi Tudományegyetem professzora, előbb az Orvosi Mikrobiológiai és Immunbiológiai Intézetben, majd az Orvosi Biológiai Intézetben dolgozott. Szeged mellett oktatott a Semmelweis Egyetemen, a Budapesti Műszaki Egyetemen, az Eötvös L. Tudományegyetemen, a csíkszeredai és a marosvásárhelyi egyetemeken.